La Secretaría Autonómica es un órgano de gestión de Escuelas Católicas Castilla y León. Es el responsable general de la gestión de la organización y es nombrado por la Junta Autonómica. En la actualidad el cargo de Secretario Autonómico es ocupado por Antonio Guerra Pardo.
Entre sus funciones principales están las de representar a Escuelas Católicas Castilla y León ante organismos e instituciones, dirigir la gestión económica, ejecutar los acuerdos decididos por la Junta Autonómica y el Consejo Asesor, preparar las reuniones de la Junta y Consejo Asesor y coordinar los diferentes departamentos.
Ejecutar los acuerdos alcanzados y decididos por la Junta Autonómica y el Consejo Asesor de Escuelas Católicas Castillas y León.
Preparar, de acuerdo con el Presidente de Escuelas Católicas Castilla y León, el orden del día de la Junta Autonómica y el Consejo Asesor.
Coordinar los trabajos de los Departamentos en orden al mejor cumplimiento de las funciones que tienen encomendadas.
Responsabilizarse de los archivos y expedir copias y certificados relacionados con los mismos, con el visto bueno del Presidente.
Dirigir la gestión económica conforme a lo establecido en estatutos, reglamentos, presupuesto y en acuerdos.
Encargarse de mantener activas las relaciones públicas con organismos e instituciones públicas de la Comunidad Autónoma.